BIFI - - Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems

BIFI International Conference 2018: COMPLEXITY, NETWORKS AND COLLECTIVE BEHAVIOUR
2018-02-06 - 2018-02-08 | IberCaja – Patio de la Infanta Center (Obra Social IberCaja)
Understanding complex systems is one of the most pressing challenges of modern science. The BIFI International Conference 2018 aims at providing a forum to discuss the latest advances in the study of complex systems and networks in a variety of fields, ranging from Physics and Mathematics to Biological, Engineering and Techno-social Systems. It will also involve important and recognized scientists worldwide. All topics that fit within the science of Complexity and Networks are welcome.

MAIN TRACKS:

Foundations of Complex Systems
Complexity in Biological Systems
Ecological Systems: Future Directions
Contagion Processes and Epidemic Spreading
Information and Communication Technologies (ICT)
Infrastructure, Planning and Environment
Multiplex Networks and Applications
Economics and Finance
Collective Behavior
Evolutionary Game Theory

http://bifi18.bifi.es/

BIFI talk: Applying DNA nanotechnology to molecular sensing and medicine (Silvia Hernández)
2017-12-01 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid)
Título: Applying DNA nanotechnology to molecular sensing and medicine
Ponente: Silvia Hernández (INA, Unizar, Zaragoza)
Día y hora: Viernes 1 de diciembre a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI TALK: Participatory, collective and public experiments for gaining insights on human behavioral traits (Josep Perelló)
2017-11-10 12:00 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Participatory, collective and public experiments for gaining insights on human behavioral traits
Ponente: Josep Perelló (UB)
Día y hora: Viernes 10 de noviembre a las 12:00 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Since 2012, OpenSystems UB has be developing new lab-in-the-field experiments using citizen science strategies to study human behavior through social dilemas and games.
The approach has allowed to gather data from a more diverse socio-demographic profile and in public spaces (where everyday decisions are taken) in order to better understand our social interactions. Recently we have been developing experiments to respond to social concerns in some urban contexts or within a given ecosystem. We will revise all these efforts from the last five years paying attention on both the experimental setting design and the scientific results.

Vicens, J., Bueno-Guerra, N., Gutiérrez-Roig, M., Gracia-Lázaro, C., Gómez-Gardeñes, J., Perelló, J., … & Duch, J. (2017). Resource heterogeneity leads to unjust effort distribution in climate change mitigation. arXiv preprint arXiv:1709.02857.
Gutiérrez-Roig, M., Segura, C., Duch, J., & Perelló, J. (2016). Market Imitation and Win-Stay Lose-Shift strategies emerge as unintended patterns in market direction guesses. PloS one, 11(8), e0159078.
Poncela-Casasnovas, J., Gutiérrez-Roig, M., Gracia-Lázaro, C., Vicens, J., Gómez-Gardeñes, J., Perelló, J., … & Sánchez, A. (2016). Humans display a reduced set of consistent behavioral phenotypes in dyadic games. Science advances, 2(8), e1600451.
Sagarra Pascual, O. J., Gutiérrez-Roig, M., Bonhoure, I., & Perelló, J. (2016). Citizen Science Practices for Computational Social Science Research: The Conceptualization of Pop-Up Experiments. Frontiers in Physics, 2016, vol. 3, num. 93, p. 1-14.
Gutiérrez-Roig, M., Gracia-Lázaro, C., Perelló, J., Moreno, Y., & Sánchez, A. (2014). Transition from reciprocal cooperation to persistent behaviour in social dilemmas at the end of adolescence. Nature communications, 5.

BIFI Talk: Structural basis of phosphatidyl mannosides biosynthesis in mycobacteria: membrane enzymes working at the interface (Marcelo Guerin)
2017-10-06 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid)
Título: Structural basis of phosphatidyl mannosides biosynthesis in mycobacteria: membrane enzymes working at the interface
Ponente: Marcelo Guerin (CIC bioGUNE, Vizcaya)
Día y hora: Viernes 6 de octubre a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO
Resumen
Many cellular reactions involve both hydrophobic and hydrophilic molecules that reside within the chemically distinct environments defined by the phospholipid-based membranes and the aqueous lumens of cytoplasm and organelles. Enzymes performing this type of reaction are required to access a ipophilic substrate located in the membranes and to catalyze its reaction with a polar, water-soluble compound [1]. Here we focus on two enzymes involved in the early steps of the phosphatidylinositol mannosides (PIMs) biosynthetic pathway, unique glycolipids found in abundant quantities in the inner and outer membranes of the cell envelope of all Mycobacterium species. They are based on a phosphatidylinositol lipid anchor carrying one to six mannose residues and up to four acyl chains. PIMs are considered not only essential structural components of the cell envelope but also the structural basis of the lipoglycans lipomannan and lipoarabinomannan, important molecules implicated in host-pathogen interactions in the course of tuberculosis and leprosy. Of particular relevance, we demonstrate the occurrence of a conformational switch during the catalytic cycle of the retaining glycosyltransferase PimA, the enzyme that start the pathway, involving both β-strand–to–α-helix and α- helix–to–β-strand transitions [2, 3, 4]. These structural changes seem to modulate catalysis and are promoted by interactions of the protein with anionic phospholipids in the membrane surface. Although scant structural information is currently available on protein catalysis at the lipid-water interface, our studies demonstrate that protein-membrane interactions might entail unanticipated structural changes in otherwise well conserved protein architectures, and suggests that similar changes may also play a functional role in other membrane enzymes. Finally, we report the crystal structures of PatA, an essential membrane associated acyltransferase that transfers a palmitoyl moiety from palmitoyl–CoA to the 6-position of the mannose ring added by PimA, in the presence of its naturally occurring acyl donor palmitate and a nonhydrolyzable palmitoyl–CoA analog. The structures reveal an α/β architecture, with the acyl chain deeply buried into a hydrophobic pocket that runs perpendicular to a long groove where the active site is located. Enzyme catalysis is mediated by an unprecedented charge relay system, which markedly diverges from the canonical HX4D motif. Our studies establish the mechanistic basis of substrate/membrane recognition and catalysis for an important family of acyltransferases, providing exciting possibilities for inhibitor design [5].
References: [1] Forneris, F.; Mattevi, A. Science 2008, 321, 213-216. [2] Giganti et al., Nat. Chem. Biol. 2015, 11,
16-18. Highlighted in the News and Views Section: Brodhun F, Tittmann K. Nat. Chem. Biol. 2015, 11, 102-103. [3]
Albesa-Jové and Guerin, Curr. Opin. Struct. Biol. 2016, 10.1016/j.sbi.2016.07.007 [4] Albesa-Jové et al., Angew.
Chem. Int. Ed. Engl. 2015, 54, 9898-9902. [5] Albesa-Jové et al., Nat. Commun. 2016, 7, 10906.

BIFI Talk: Seminario del profesor Philip Hardwidge
2017-07-07 11:30 - 12:30 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Citrobacter rodentium NleB Protein Inhibits Tumor Necrosis Factor (TNF) Receptor-associated Factor 3 (TRAF3) Ubiquitination to Reduce Host Type I Interferon Production
Ponente: Philip R. Hardwidge Kansas State University
Día y hora: Viernes 7 de julio a las 11:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Abstract:
Citrobacter rodentium NleB Protein Inhibits Tumor Necrosis Factor (TNF) Receptor-associated Factor 3 (TRAF3) Ubiquitination to Reduce Host Type I Interferon Production
Philip R. Hardwidge Kansas State University
Interferon signaling plays important roles in both intestinal homeostasis and in the host response to pathogen infection. The extent to which bacterial pathogens inhibit this host pathway is an understudied area of investigation. We characterized Citrobacter rodentium strains bearing deletions in individual type III secretion system effector genes to determine whether this pathogen inhibits the host type I interferon (IFN) response and which effector is responsible. The NleB effector limited host IFN-beta production by inhibiting Lysine 63-linked ubiquitination of TNF receptor-associated factor 3 (TRAF3). Inhibition was dependent on the glycosyltransferase activity of NleB. GAPDH, a target of NleB during infection, bound to TRAF3 and was required for maximal TRAF3 ubiquitination. NleB glycosyltransferase activity inhibited GAPDH-TRAF3 binding, resulting in reduced TRAF3 ubiquitination. Collectively, our data reveal important interplay between GAPDH and TRAF3 and suggest a mechanism by which the NleB effector inhibits type I IFN signaling.

I Reunión Anual GBsC (BIFI, UNIZAR) Unidad Asociada al CSIC
2017-06-22 09:30 - 16:00 (Europe/Madrid) | Estación Experimental de Aula Dei-CSIC Dirección: Avda. Montañana 1005. Zaragoza. E-50059, Avda. Montañana 1005., Zaragoza, Zaragoza, 50059
(Grupo Bioquímica, Biofísica, Biología Computacional)
Lugar: Estación Experimental de Aula Dei-CSIC
Dirección: Avda. Montañana 1005. Zaragoza. E-50059
Fecha: 22 de junio 2017
Agenda
9:30-10:00 Bienvenida (Patricia Ferreira e Inmaculada Yruela).
10:00-10:45 Presentación de grupos UNIZAR que realizan trabajos de investigación en colaboración con EEAD-CSIC (15 min cada uno).
Pilar Catalán, Escuela Politécnica Superior de Huesca, Universidad de Zaragoza.
María Fillat, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Milagros Medina, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.

10:45-11:15 Café
11:15-11:45 Continuación presentación de grupos BIFI-UNIZAR (15 min cada uno).
Adrián Velázquez, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Javier Sancho, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.

11:45-13:05 Presentación de trabajos de investigación realizados por estudiantes de doctorado en la Unidad Asociada GBsC (BIFI, UNIZAR) al CSIC (20 minutos cada una),
Silvia Romero. “Studying the molecular basis of the interactions between human Apoptosis-Inducing Factor (hAIF) and its protein partners “. Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Sandra Salillas. “Antimicrobial discovery: new promising compounds against Helicobacter pylori infection”. Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Valerie Yselle De Anda Torres. “A new multi-genomic approach for the study of biogeochemical cycles at global scale: the molecular reconstruction of the sulfur cycle”. Laboratorio de Evolución Molecular y Experimental, Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología UNAM, México.
Rubén Sancho Cohen. “Deciphering the origins of allopolyploid lineages in the grass genus Brachypodium through GBS and RNA-seq data analysis”. Escuela Politécnica Superior de Huesca, Universidad de Zaragoza.

13:30-14:30 Comida (Cafetería Aula Dei)
15:00 Visita Aula Dei (Inmaculada Yruela)

BIFI talk: Breaking the timescale limit in molecular dynamics simulations with a fast sampling implicit solvent model (Agustí Emperador)
2017-06-02 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Breaking the timescale limit in molecular dynamics simulations with a fast sampling implicit solvent model
Ponente: Agustí Emperador (IRB, Barcelona)
Dia y hora: Jueves 2 de Junio a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Nace el proyecto MICROMASCOTAS para descubrir la vida invisible que nos rodea
2017-05-26 08:00 - 17:00 (Europe/Madrid)
Bacterias, hongos, levaduras y ácaros son solo algunos ejemplos de la vida microscópica que continuamente se relacionan con todos nosotros sin que nos demos cuenta. Para hacer visible lo invisible, el BIFI de la Universidad de Zaragoza (bifi.unizar.es) y la Fundación Ibercivis (ibercivis.es) lanzan el proyecto de ciencia ciudadana MICROMASCOTAS que hacen que científicos ciudadanos apliquen las nuevas técnicas de microbiología y descubran las posibilidades que ésta rama de la ciencia ofrece. El proyecto MICROMASCOTAS está cofinanciado por la FECYT (fecyt.es) en su convocatoria de fomento de la cultura científica, tecnológica y de la innovación en la convocatoria 2016 y tiene dos áreas de trabajo diferenciadas que apuntan a la experimentación en los laboratorios CESAR (cesaretopia.com) por un lado, y a la participación pública en casa de los participantes por otro lado.
La primera actividad propuesta consiste en realizar una serie de talleres didácticos orientados a profesores de Aragón para aprender a crear el hardware de bajo coste hazlo-tú-mismo/hazlo-con-otros (DIY-DIWO). Estos talleres se celebrarán los miércoles 21 de Junio, 13, 20 y 27 de Septiembre del 2017, con una duración total de 16h, en horario de 16:30h a 20:30h. Cada uno de los talleres está destinado a la fabricación de un agitador magnético y placa calefactora, un incubador y un microscopio, elementos útiles para el cuidado de las micromascotas, así como un taller específico que enseñará las técnicas de microbiología necesarias para preparar medios de cultivo y manejo de micromascotas.
Los docentes que se apunten al taller podrán construir elementos utilizando los equipos de los laboratorios CESAR con máquinas como la cortadora láser. Los organizadores pondrán a disposición recursos educativos y materiales necesarios para aprender a hacer estos prototipos que luego se podrán replicar si se desea. El perfil docente al que está mas enfocado este proyecto reúne temáticas que se puede encontrar en las materias de biología, química, física, tecnología y diseño y fabricación. Tanto para niveles de ESO, Bachillerato y grados.

Con esto, se busca que en el futuro los profesores puedan realizar su propia experimentación, englobado en un proyecto multidisciplinar como es Micromascotas, en su propio centro y con sus alumnos. Dotando al centro a su vez de estos aparatos de biohardware de bajo coste y con ellos poder introducirse en el mundo microscópico de la mano de la microbiología con las micromascotas.
Los docentes que quieran participar podrán inscribirse enviando un correo a info@ibercivis.es indicando en el asunto “Taller MICROMASCOTAS junio 2017”. En el correo electrónico se deberá indicar el nombre, datos de contacto y centro educativo al que pertenece. Dado que las plazas del taller están limitadas a solo cinco asistentes, entre todos los que se inscriban se realizará un sorteo para seleccionar a los elegidos para este primer taller.
Más información en la web micromascotas.ibercivis.es En las próximas semanas, se anunciará en esta misma página web cómo participar en el proyecto de ciencia ciudadana que busca recoger muestras de polvo de lugares como los marcos de las puertas para poder identificar parte de la biodiversidad y la vida salvaje que nos rodea en nuestros hogares y presentarán la granja de microorganismos presentes en el Wetlab de los laboratorios Cesar, para que quien quiera pueda adoptar como su micromascota.

BIFI talk: Disease module identification by adjusting resolution in community detection algorithms (Sergio Gómez)
2017-05-05 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid)
Título: Disease module identification by adjusting resolution in community detection algorithms
Ponente: Sergio Gómez (U. Rovira i Virgili, Tarragona)
Dia y hora: Viernes 5 de Mayo a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI talk: Tuning of a de novo ring oligomerization using structural and energetic information (Luis A. Campos)
2017-04-06 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Tuning of a de novo ring oligomerization using structural and energetic information
Ponente: Luis A. Campos (Centro Nacional de Biotecnología, CSIC, Madrid)
Dia y hora: Jueves 6 de Abril a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI talk: Functional Brain Networks: Uses and misuses (Javier Buldú)
2017-03-03 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Functional Brain Networks: Uses and misuses
Ponente: Dr. Javier Buldú. (Center for Biomedical Technology, U. Politécnica Madrid, U. Rey J. Carlos, Madrid)
Dia y hora: Viernes 3 DE MARZO A LAS 12:30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Resumen:
In this seminar I will talk about how to project the dynamical interactions between brain regions into a functional network. First, I will overview what are the main risks of using Network Science for analysing datasets obtained from different brain imaging techniques. Second, I will explain my experience when constructing (functional) multilayer networks whose layers represent the significant frequency bands at which the brain is supposed to operate. More specifically, I will talk about what are the consequences of considering the brain as a multiplex network instead of using a full multilayer description where all brain regions may interact between them at any frequency band. We will see how the heterogeneity and the percentage of missing inter-layer links crucially modify the spectral properties of the multilayer network, namely the second smallest eigenvalue of the Laplacian matrix. Both numerical simulations together with the analysis of real datasets obtained from resting-state magnetoencephalographic recordings reveal that the construction of frequency-based multilayer brain networks is far from being a trivial task.

VIII CONGRESO NACIONAL BIFI 2017
2017-01-31 09:00 - 2017-02-02 19:30 UTC | Zaragoza, España
El VIII Congreso Nacional BIFI 2017 tendrá lugar en Zaragoza, en el Campus Río Ebro (Actur), del 31 de enero al 2 de febrero de 2017. Si estás interesado en asistir y/o presentar tu trabajo, por favor, regístrate cuanto antes en https://bifi.es/events/bifi2017/ .
Fecha límite de inscripción y envío resúmenes: 11/01/2016

Presentación proyecto Pirepred
2016-10-05 00:15 - 17:00 UTC | Aula Magna, Edificio Paraninfo
El proyecto Pirepred, Red Transfronteriza de interpretación del cribado neonatal: de la mutación al paciente, liderdo por Javier Sancho, será presentado el día 5 de octubre de 2016 en el Aula Magna del Edificio Paraninfo, enmarcada en la reunión de inicio del proyecto.
Pirepred es un proyecto del Programa europeo de cooperación territorial POCTEFA 2014-2020 que fomenta el desarrollo sostenible del territorio fronterizo. Los objetivos de Pirepred son mejorar los programas de cribado neonatal de las regiones implicadas y desarrollar nuevas herramientas bioinformáticas para mejorar el diagnóstico genético.

El BIFI participa en el workshop Simulación CFD al alcance de Pymes 4.0 organizado por Nabladot
2016-06-06 11:00 - 14:00 UTC | Sala Aragón del WTZC, C/ María Zambrano 31, Zaragoza
El próximo lunes, día 6 de junio, se celebrará en la Sala Aragón del WTZC (C/ María Zambrano, 31, 50018 Zaragoza) el workshop “Simulación CFD al alcance de PYMES 4.0”.
Este evento tiene como objetivo dar a conocer nuevas herramientas CFD en la nube, describir la experiencia de una PYME en el uso de estas nuevas herramientas CFD en el contexto del proyecto europeo CloudFlow , y las oportunidades de financiación que hay para que empresas puedan disfrutar de estos servicios en la nube.
La asistencia está abierta tanto a empesas como a la comunidad universitaria, previa inscripción a través del correo electrónico: cloudflow@nabladot.com

Programa
11:00 Bienvenida Alba García. NablaDot
11:10 CESAR OpenStack Cloud: Eleva tu negocio hasta las nubes. Rubén Valles. BIFI
11:40 CFD en la nube: Industria 4.0 a tu alcance. Carlos Montañés. NablaDot
12:10 Café
12:25 Experiencia de una PYME: El caso de BioCurve Ignacio Quílez. BioCurve
12:55 I4MS: oportunidades para las PYMES Silvia de la Maza. INNOVALIA
13:15 Otras oportunidades de financiación europea de la I+D+i para las PYMES. Ruth Aguarod. OTRI-UNIZAR.
13:35 Ronda de preguntas y cierre

Presentación del Centro de Supercomputación de Aragón (CESAR)
2016-03-09 11:00 - 17:00 UTC | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
El próximo miércoles 9 de marzo tendrá lugar la prensenatación del CESAR, Centro de Supercomputación de Aragón, a las 11 horas en el Salón de Actos del Edificio I+D del Campus Río Ebro.
El acto contará con la participación de D. Manuel J. López, Rector Magnífico de la Universidad de Zaragoza, Dña. Pilar Alegría, Consejera de Innovación, Investigación y Universidad, D. Luis Miguel García, Vicerrector de Política Científica y D. Javier Sancho, Director del BIFI.

Lectura de Tesis Doctoral: "Estudios mecanísticos de la O-fucosilación" de Jessika Valero
2016-02-25 12:00 - 14:00 UTC | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Lectura de tesis: “Estudios mecanísticos de la O-fucosilación en proteínas y desarrollo de antifúngicos frente a transglicosilasas de la pared celular”
Jéssika Valero González
Director: Ramón Hurtado-Guerrero

Lectura de Tesis de María Alejandra Nelo Bazán: "Caracterización del promotor y de la función de MTCH1"
2016-02-05 12:00 - 14:00 UTC | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Lectura de Tesis: “Caracterización del promotor y de la función de MTCH1”

María Alejandra Nelo Bazán (Dpto. de Bioquímica y Biología Molecular y Celular/BIFI)
Director: José Alberto Carrodeguas Villar
Fecha: viernes, 5 de febrero de 2016
Hora: 12:00 hrs.
Lugar: Salón de Actos. Edificio I+D. Campus Río Ebro.

Lectura de Tesis de Emanuele Cozzo: "Multiplex networks: Structure and dynamics"
2016-02-02 | Salón de Actos. Edificio B. Matemáticas
“Multiplex networks: Structure and dynamics”
Emanuele Cozzo
(Dpto. de Física Teórica/BIFI)
Director: Yamir Moreno Vega
Resumen:
Los estudios tradicionales en teoría de redes complejas representan la interacción entre dos elementos del sistema a través de un solo tipo de enlace.
Esta representación resulta ser una simplificación excesiva en la mayoría de los casos. Para representar de manera apropiada estos sistemas se introdujo
la noción de redes multiplex. En esta Tesis se ha desarrollado un lenguaje matemático formal para representar las redes multiplex en términos de la teoría
algebraica de grafos. Se generalizan algunas métricas estructurales y se estudian las propiedades espectrales de la matriz de supra-adyacencia y del
supra-Laplaciano de una red multiplex.

BIFI 2016 International Conference on Molecular Recognition
2016-02-01 - 2016-02-03 | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
https://bifi.es/events/bifi2016/
The VII International Conference of the Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems (BIFI) on February 1-3, 2016.
The meeting will be an international conference on molecular recognition from a protein perspective, covering several topics such as computational methods, molecular assemblies, chemical biology and advanced technical developments. We wish the conference to represent a venue for gathering active researchers working in molecular recognition, with strong roots in the scientific and academic communities to discuss recent developments and future challenges in the field.
Main topics to be covered during the meeting:

Computational methods.
Molecular assemblies.
Chemical Biology.
Advanced technical developments

To this end, the format of the Conference will include plenary sessions and short talks.
Short talks will be selected among poster contributions.
The official language of the conference is English.
Researchers from any Institution are warmly invited to attend the meeting.

Lectura de Tesis de Juan Jose Galano Frutos
2015-12-18 11:00 - 14:00 UTC | Salón de Actos. Edificio B. Matemáticas
Título de la Tesis Doctoral: Helicobacter pylori : Eventos Biomoleculares Asociados a la Aparición de Resistencia y al Mecanismo de Intercambio Anión/Agua en la Superficie de Flavodoxina. Diseño y Optimización de Nuevos Compuestos con Actividades Farmacológicas
Doctorando/a: Juan José Galano Frutos
Facultad de lectura: Facultad de Ciencias
Sala de lectura: Salón de Actos del Edificio-B Matemáticas
Hora de lectura: 11:00
Fecha de lectura de la Tesis: Viernes 18-12-2015
Director: Javier Sancho Sanz

Lectura de Tesis Doctoral Raquel Villanueva
2015-12-15 11:30 - 14:00 UTC | Salón de Grados, Facultad de Ciencias
Título de la Tesis Doctoral: The reductase activity of the human Apoptosis Inducing Factor: molecular bases and implications in the enzyme apoptotic function Doctorando/a: Raquel Villanueva LLop
Facultad de lectura: Facultad de Ciencias
Sala de lectura: Salón de Grados
Hora de lectura: 11:30
Fecha de lectura de la Tesis: 15-12-2015
Directores: Patricia Ferreira, Milagros Medina

Lectura de Tesis Doctoral Ana Elisa Bergues Pupo
2015-12-11 12:00 - 14:00 UTC | Salón de Actos, Facultad de Matemáticas
Lcda.: Ana Elisa Bergues Pupo
Título: Mesoscopic modeling of DNA under the influence of mechanical and thermal forces
Fecha: 11 de Diciembre, 12:00 pm,
Luga:Salón de Actos Edificio de Matemáticas
Directores: Fernando Falo y Alessandro Fiasconaro

Curso de Verano: Estructura y Función de Proteínas
2015-07-06 - 2015-07-10 | Jaca (Huesca)
Objetivos:

1.- Proporcionar un conocimento detallado de la estructura de las proteínas.
2.- Describir las técnicas usadas en la actualidad para caracterizar estructuralmente las proteínas.
3.- Describir las técnicas usadas en la actualidad para caracterizar la función de las proteínas.
4.- Describir las implicaciones en medicina de las enfermedades relacionadas con el plegamiento de las proteínas (Alzheimer, enfermedades priónicas, escelerosis…).
5.- Describir las implicaciones del ensamblaje de las cápsidas virales para controlar su infectividad.
6.- Describir cómo los fenónemos de unión de proteínas con otras moléculas pueden alterar su función, y cómo este tipo de interacciones pueden producir el desarrollo de enfermedades, y cómo se pueden caracterizar este tipo de uniones. Asimismo, se explicará, desde el punto de vista farmacológico, la forma en que, regulando estas interacciones, se pueden desarrollar nuevos fármacos para tratar diversas enfermedades.
7.- Conocer y manejar software de alineamiento de secuencias de proteínas y de modelado molecular.
8.- Conocer como funciona una editorial de prensa científica.
9.- Conocer como escribir y elaborar un artículo científico.

Programa:

Lunes, 6 de Julio
09:00 h. Introducción al curso (1)
10:00 h. Calorimetría diferencial de barrido (2)
11:30 h. Técnicas espectroscópicas de ultravioleta, fluorescencia y dicroísmo circular (1)
12:30 h. Tutorías, talleres y cuestiones (3) (1)
16:30 h. Calorimetría de titulación isoterma (2)
17:30 h. Biosensores ópticos basados en el fenómeno de Resonancia Plasmón de Superficie. Biacore(4)
19:00 h. Tutorías, talleres y cuestiones (3) (1)
Martes, 7 de Julio
09:00 h. Difracción de Rayos X (5)
11:30 h. Resonancia Magnética Nuclear (1)
16:30 h. Microscopía electrónica (6)
19:00 h. Tutorías, talleres y cuestiones (3) (1)
Miércoles, 8 de Julio
09:00 h. Resonancia paramagnética de electrón (3)
10:00 h. Espectroscopía de fuerza atómica y técnicas de una única molécula (7) (7)
11:30 h. Métodos para medir interacciones macromoleculares usando dispersión de luz y ultracentrifugación analítica (8)
16:30 h. Alineamiento de secuencias y filogenia (9)
17:30 h. Dinámica molecular (10)
19:00 h. Visita cultural
Jueves, 9 de Julio
09:00 h. Modelado molecular e interacción entre proteínas (11)
11:30 h. Relación estructura-función en proteínas (3)
12:30 h. Como trabajar uno mismo con el alineado de secuencias y los estudios filogenéticos (9)
16:30 h. Ingeniería de proteínas para aplicaciones biotecnológicas (7) (7)
19:00 h. Enfermedades conformacionales de proteínas (12)
19:00 h. Tutorías, talleres y cuestiones (3) (1)
Viernes, 10 de Julio
09:00 h. How to write a scientific paper (13)
12:30 h. Behind the curtains of an editorial (14)
16:30 h. Mesa redonda: Estructura y función de proteínas en el siglo XXI (1) (3)

Ponentes:

1. José Luis Neira Faleiro (Instituto de Biologia Molecular y Celular, Universidad Miguel Hernández de Elche)
2. Adrián Velázquez Campoy (Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos, Universidad de Zaragoza)
3. Milagros Medina Trullenque (Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos, Universidad de Zaragoza)
4. Patricia Ferreira Neila (Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos, Universidad de Zaragoza)
5. Ana Cámara Artigas (Universidad de Almería)
6. José María Valpuesta (Centro Nacional de Biotecnología, CSIC-Madrid)
7. Mauricio García Mateu (Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, U. Autónoma de Madrid)
8. Carlos Alfonso Botello (Centro de Investigaciones Biológicas CSIC, Madrid)
9. Bruno Contreras Moreira (Estación Experimental de Aula Dei, CSIC-Zaragoza y Fundación ARAID)
10. Federico Gago Badenas (Universidad de Alcalá)
11. Juan Fernández Recio (Centro Nacional de Supercomputación)
12. Javier Sancho Sanz (Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos, Universidad de Zaragoza)
13. Anthony Newman (Elsevier B.V., The Netherlands)
14. Andy Deelen (Elsevier B.V., The Netherlands)
15. Ponente Por determinar (1) (3)

Alumnado:

Estudiantes de los últimos cursos de los grados en Química, Biología, Física, Farmacia, Medicina, Bioquímica, Biotecnología y Veterinaria. Estudiantes de másteres de Bioquímica, Biología Molecular y Celular, Biotecnología y Tecnología de Alimentos.
Estudiantes de doctorado. Profesionales en activo en cualquiera de las áreas de conocimiento y especialidades arriba indicadas. Como novedad, respecto a ediciones anteriores, se propone el último día un taller de “Cómo escribir un artículo científico” y “de los entresijos, a nivel editorial, detrás de algunas revistas del grupo Elsevier” (uno de los gigantes en la actualidad en la publicación de textos científicos). Este taller es de interés para cualquier profesional en investigación y docencia.

Procedimiento de evaluación:

Se evaluará la participación activa tanto durante la exposición (el conferenciante dirigirá preguntas a la audiencia, para conseguir involucrar a la misma) como durante las horas de tutorías o talleres que al final de cada día sobre los temas comentados a lo largo de esa jornada. Se propondrá asimismo un cuestionario en el último día del curso (en la sesión vespertina, de tal foma que ya haya transcurrido la totalidad del curso) sobre los aspectos más relevantes tratados durante la duración del mismo.

Alojamiento:

Lugar de celebración
Palacio de Congresos
Avda. Juan XXIII, s/n
22700 JACA
Alojamiento
Residencia Universitaria de Jaca, C/Universidad, 3 22700 JACA.
Precio del alojamiento durante el curso: 184,23 € (consultar información en el enlace Sedes).
Consultas y reservas de alojamiento:
Web http://www.unizar.es/resijaca
Tfno.: +34 974 360 196 , e-mail: resijaca@unizar.es

Jornada CloudSME
2015-06-24 17:30 - 20:30 UTC | Aula Magna Edificio Paraninfo, Zaragoza
El objetivo de la sesión es dar a conocer los casos de éxito del proyecto, tanto nacionales como internacionales,que puedan servir como referente para otras empresas. En concreto se presentarán los desarrollos llevados a cabo en logística para agroalimentación, logística de grandes mercancías, diseño de productos en el sector del calzado y en optimización de procesos en la industria del acero. Además se presentarán diversas oportunidades de financiación en H2020 destinadas a la Industria con el fin de promover la participación del tejido empresarial nacional en iniciativas europeas.

Puede consultar la agenda en el siguiente enlace:

http://cloudsme.eu/content/cloudsme-industrial-event-2015

Aforo limitado, rogamos confirmación a través del siguiente enlace: Inscripciones

CloudSME es un proyecto financiado por la Comisión Europea bajo la iniciativa I4MS cuya finalidad es acercar la soluciones Cloud a pequeñas y medianas empresas para optimizar sus procesos productivos o logísticos. Más información: http://cloudsme.eu/

JORNADA PKU: Hacia la mejora en la calidad de vida de los enfermos con Fenilcetonuria
2015-05-23 10:00 - 14:00 UTC | Centro Joaquín Roncal Fundación CAI-ASC,
El próximo sábado 23 de mayo de 2015 tendrá lugar una jornada abierta, centrada en la fenilcetonuria (PKU), una enfermedad genética, metabólica, rara que afecta a 1 de cada 10.000 personas. Su detección precoz (mediante la prueba del talón) es fundamental para que los recién nacidos sean tratados inmediatamente para evitar los trastornos de la enfermedad. El tratamiento puede durar toda la vida.
Pacientes, familiares, investigadores y profesionales sanitarios, se darán cita en el Centro Joaquín Roncal Fundación CAI-ASC, C/ San Braulio 5-7, 50003 Zaragoza, para compartir conocimiento y experiencias reales orientados a la mejora de la calidad de vida de los enfermos. La asistencia es libre y cualquier persona interesada en conocer más sobre la fenilcetonuria es bienvenida hasta completar el aforo.
La jornada es una iniciativa promovida por el Instituto BIFI de la Universidad de Zaragoza, enmarcada en el proyecto Neuromed y organizada gracias a la colaboración entusiasta de la Asociación aragonesa de PKU y otros trastornos metabólicos, ARAPKUOTM, organización sin ánimo de lucro formada principalmente por afectados y familiares de enfermos con Fenilcetonuria y que pertenece a la Federación Española de Fenilcetonuria y Otros Trastornos Metabólicos PKU y OTM (FEEMH). También ha colaborado en la organización la Fundación CAI-ASC, que ha cedido sus instalaciones para celebrarla.
El proyecto Neuromed investiga en el desarrollo de terapias moleculares para el tratamiento de la fenilcetonuria, además de otras dos enfermedades neurodegenerativas, la enfermedad de Parkinson y la Polineuropatía amiloidótica familiar. Es un proyecto de colaboración europea, financiado por el programa Interreg IV SUDOE, de 14 meses de duración, que está liderado por el Profesor Javier Sancho, catedrático de Bioquímica y Biología Molecular y Director del Instituto BIFI de la Universidad de Zaragoza. En el proyecto participan dos equipos de investigación españoles, dos portugueses y dos franceses.
Intervendrán por una parte el coordinador del proyecto Neuromed, Prof. Javier Sancho que hablará de los avances en tratamientos alternativos o complementarios a los actuales, la Dra. Inmaculada García del servicio de Pediatría del Hospital Universitario Miguel Servet, el Dr. Koldo Aldamiz, médico en el Hospital de Cruces, Jorge Palomera, presidente de la asociación ARAPKUOTM y enfermo con fenilcetonuria, Cati López, vocal de la FEEMH en Pamplona) y Pilar Alvo, madre de un paciente con fenilcetonuria y Natalia Barbero, paciente con fenilcetonuria, que explicarán su experiencia.
Se invita al público en general a participar en esta jornada, ya que conociendo más de la enfermedad, todos podemos aportar algo para mejorar las condiciones de vida de las personas que la padecen.

Jornada de “Supercomputación y Almacenamiento hyperscale para HPC, Big Data y Cloud”
2014-11-27 09:30 - 14:00 UTC | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Intro:
El Instituto Universitario de Investigación en Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) de la Universidad de Zaragoza, tiene el placer de invitarle a la “Jornada de Supercomputación y Almacenamiento hyperscale para HPC, Big Data y Cloud”. El evento tendrá lugar el próximo jueves 27 de Noviembre en el Salón de Actos del Edificio I+D, Campus Río Ebro.
Agenda:

09:30
Bienvenida
Guillermo Losilla; BIFI-UNIZAR
Xavier Salvat; Fujitsu

09:45
Fujitsu: Roadmap Exascale
Adriano Galano: Director de Supercomputación y Big Data; Fujitsu

10:15
Intel: Xeon Phi y Big Data
Antonino Albarrán; Director de Tecnología de Intel

10:45
Pausa Café

11:15
Soluciones de almacenamiento hyperscale para HPC, Big Data y Cloud: ETERNUS CD10000
Manuel Millares, Consultor Senior de Almacenamiento; Fujitsu

12:15
Soluciones de Fabric de Red para entornos HPC
Raúl Morata, Director de Servicios de Red; Fujitsu

12:45
Coloquio

Registro:
La asistencia al evento es gratuita y de libre acceso. SIn embargo, para garantizarse un asiento (aforo limitado) y tener derecho a certificado de asistencia, es necesario registrarse previamente.
Regístrese aquí.

6ª Jornada de Jóvenes Investigadores de Química y Física en Aragón
2014-11-20 08:30 - 19:00 UTC | Edificio Betancourt (Campus Río Ebro)
El jueves 20 de noviembre se celebrará la 6ª Jornada de Jóvenes Investigadores (Química y Física) de Aragón organizada por las Secciones Territoriales en Aragón de las Reales Sociedades Españolas de Química y de Física junto con la Escuela de Ingeniería y Arquitectura de la Universidad de Zaragoza y que cuenta con el apoyo de una mayoría de los Institutos Universitarios de Investigación, entre ellos el BiFi. La asistencia a los actos está abierta a todos aquellos que quieran participar.
Se puede encontrar más información acerca de la Jornada en la dirección http://jjiqfa.wordpress.com

Actividades colaboración con FUJITSU-INTEL 2014-2015
2014-09-01 - 2015-08-31 | BIFI – Universidad de Zaragoza
A lo largo del curso 2014-2015 y en colaboración con las empresas FUJITSU e INTEL, el BIFI va a organizar varios eventos sobre temas actualmente de interés en el mundo de la Computación.
En concreto, se han planificado las siguientes actividades:
· Workshop de Supercomputación, BIFI-Universidad de Zaragoza, en Noviembre de 2014
· Participación en la VII Conferencia Nacional BIFI2015 (link), durante la sesión dedicada a Computación, BIFI-Universidad de Zaragoza, en Febrero de 2015
· Participación en evento de la Red Española de Supercomputación (link), Universidad de Zaragoza, durante la primera mitad de 2015 (fecha aún por concretar)
La información detallada de cada evento (registro, programa etc) se irá publicando en esta misma página web conforme se aproxime su fecha de celebración.

Presentación tesis doctoral: A Bioinformatics Study of Protein Conformational Flexibility and Misfolding: A Sequence, Structure and Dynamics Approach
2014-04-01 12:00 - 14:00 UTC | Salón de Grados, Facultad de Ciencias
Speaker: Espinosa Angarica, Vladimir
Date & location: Tuesday 1st April 2014, 12:00 (CEST). Sala de Grados de la Facultad de Ciencias

BIFI-I3A Fujitsu Innovation Day
2014-03-20 09:30 - 15:00 UTC | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Intro:
El BIFI y el I3A de la Universidad de Zaragoza, en colaboración con Fujitsu e Intel, organizan el próximo jueves 20 de Marzo una Jornada sobre Innovación que tratará distintos topics actualmente candentes en el mundo de la computación (HPC, Big data, Horizon2020 y Green Computing). El evento tendrá lugar en el Salón de Actos del Edificio I+D, Campus Río Ebro.

Agenda:

09.30 – 10.00
Recepción y bienvenida

10.00 – 10.20
Introducción Fujitsu
Rosa Capell. Directora Comercial Sector Público Fujitsu

10.20 – 10.40
Computing the Ideal Future
Adriano Galano. Director HPC & Big Data Fujitsu

10.40 – 11.00
Computación en el BIFI: proyectos, servicios e infraestructuras.
Guillermo Losilla.
Responsable infraestructuras de cálculo del BIFI

11.00 – 11.40
Café

11.40 – 12.00
I3A: HPC al servicio de la investigación en ingeniería
Antonio Sanz, Responsable de sistemas del I3A.

12.00 – 12.40
Caminando juntos hacia el “Horizonte 2020”
Marcial Valdemorisco.
Experto en C.E. Miembro High Level Groups CE

12.40 – 13.00
Intel

13.00 – 13.20
Green Computing. Eficiencia energética en los Data Centers
Javier López. Director Data Center de Fujitsu

13.20 – 15.00
Cóctel en la zona de networking

Registro:
La asistencia al evento es gratuita y de libre acceso. SIn embargo, para garantizarse un asiento (aforo limitado) y tener derecho a certificado de asistencia, es necesario registrarse previamente.
Regístrese aquí: http://descubrefujitsu.com/Universidad-Zaragoza/registro/
