BIFI - - Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems

El BIFI participa en el workshop Simulación CFD al alcance de Pymes 4.0 organizado por Nabladot
2016-06-06 11:00 - 14:00 UTC | Sala Aragón del WTZC, C/ María Zambrano 31, Zaragoza
El próximo lunes, día 6 de junio, se celebrará en la Sala Aragón del WTZC (C/ María Zambrano, 31, 50018 Zaragoza) el workshop “Simulación CFD al alcance de PYMES 4.0”.
Este evento tiene como objetivo dar a conocer nuevas herramientas CFD en la nube, describir la experiencia de una PYME en el uso de estas nuevas herramientas CFD en el contexto del proyecto europeo CloudFlow , y las oportunidades de financiación que hay para que empresas puedan disfrutar de estos servicios en la nube.
La asistencia está abierta tanto a empesas como a la comunidad universitaria, previa inscripción a través del correo electrónico: cloudflow@nabladot.com

Programa
11:00 Bienvenida Alba García. NablaDot
11:10 CESAR OpenStack Cloud: Eleva tu negocio hasta las nubes. Rubén Valles. BIFI
11:40 CFD en la nube: Industria 4.0 a tu alcance. Carlos Montañés. NablaDot
12:10 Café
12:25 Experiencia de una PYME: El caso de BioCurve Ignacio Quílez. BioCurve
12:55 I4MS: oportunidades para las PYMES Silvia de la Maza. INNOVALIA
13:15 Otras oportunidades de financiación europea de la I+D+i para las PYMES. Ruth Aguarod. OTRI-UNIZAR.
13:35 Ronda de preguntas y cierre

Presentación proyecto Pirepred
2016-10-05 00:15 - 17:00 UTC | Aula Magna, Edificio Paraninfo
El proyecto Pirepred, Red Transfronteriza de interpretación del cribado neonatal: de la mutación al paciente, liderdo por Javier Sancho, será presentado el día 5 de octubre de 2016 en el Aula Magna del Edificio Paraninfo, enmarcada en la reunión de inicio del proyecto.
Pirepred es un proyecto del Programa europeo de cooperación territorial POCTEFA 2014-2020 que fomenta el desarrollo sostenible del territorio fronterizo. Los objetivos de Pirepred son mejorar los programas de cribado neonatal de las regiones implicadas y desarrollar nuevas herramientas bioinformáticas para mejorar el diagnóstico genético.

VIII CONGRESO NACIONAL BIFI 2017
2017-01-31 09:00 - 2017-02-02 19:30 UTC | Zaragoza, España
El VIII Congreso Nacional BIFI 2017 tendrá lugar en Zaragoza, en el Campus Río Ebro (Actur), del 31 de enero al 2 de febrero de 2017. Si estás interesado en asistir y/o presentar tu trabajo, por favor, regístrate cuanto antes en https://bifi.es/events/bifi2017/ .
Fecha límite de inscripción y envío resúmenes: 11/01/2016

BIFI talk: Functional Brain Networks: Uses and misuses (Javier Buldú)
2017-03-03 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Functional Brain Networks: Uses and misuses
Ponente: Dr. Javier Buldú. (Center for Biomedical Technology, U. Politécnica Madrid, U. Rey J. Carlos, Madrid)
Dia y hora: Viernes 3 DE MARZO A LAS 12:30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Resumen:
In this seminar I will talk about how to project the dynamical interactions between brain regions into a functional network. First, I will overview what are the main risks of using Network Science for analysing datasets obtained from different brain imaging techniques. Second, I will explain my experience when constructing (functional) multilayer networks whose layers represent the significant frequency bands at which the brain is supposed to operate. More specifically, I will talk about what are the consequences of considering the brain as a multiplex network instead of using a full multilayer description where all brain regions may interact between them at any frequency band. We will see how the heterogeneity and the percentage of missing inter-layer links crucially modify the spectral properties of the multilayer network, namely the second smallest eigenvalue of the Laplacian matrix. Both numerical simulations together with the analysis of real datasets obtained from resting-state magnetoencephalographic recordings reveal that the construction of frequency-based multilayer brain networks is far from being a trivial task.

BIFI talk: Tuning of a de novo ring oligomerization using structural and energetic information (Luis A. Campos)
2017-04-06 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Tuning of a de novo ring oligomerization using structural and energetic information
Ponente: Luis A. Campos (Centro Nacional de Biotecnología, CSIC, Madrid)
Dia y hora: Jueves 6 de Abril a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI talk: Disease module identification by adjusting resolution in community detection algorithms (Sergio Gómez)
2017-05-05 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Título: Disease module identification by adjusting resolution in community detection algorithms
Ponente: Sergio Gómez (U. Rovira i Virgili, Tarragona)
Dia y hora: Viernes 5 de Mayo a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Nace el proyecto MICROMASCOTAS para descubrir la vida invisible que nos rodea
2017-05-26 08:00 - 17:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Bacterias, hongos, levaduras y ácaros son solo algunos ejemplos de la vida microscópica que continuamente se relacionan con todos nosotros sin que nos demos cuenta. Para hacer visible lo invisible, el BIFI de la Universidad de Zaragoza (bifi.unizar.es) y la Fundación Ibercivis (ibercivis.es) lanzan el proyecto de ciencia ciudadana MICROMASCOTAS que hacen que científicos ciudadanos apliquen las nuevas técnicas de microbiología y descubran las posibilidades que ésta rama de la ciencia ofrece. El proyecto MICROMASCOTAS está cofinanciado por la FECYT (fecyt.es) en su convocatoria de fomento de la cultura científica, tecnológica y de la innovación en la convocatoria 2016 y tiene dos áreas de trabajo diferenciadas que apuntan a la experimentación en los laboratorios CESAR (cesaretopia.com) por un lado, y a la participación pública en casa de los participantes por otro lado.
La primera actividad propuesta consiste en realizar una serie de talleres didácticos orientados a profesores de Aragón para aprender a crear el hardware de bajo coste hazlo-tú-mismo/hazlo-con-otros (DIY-DIWO). Estos talleres se celebrarán los miércoles 21 de Junio, 13, 20 y 27 de Septiembre del 2017, con una duración total de 16h, en horario de 16:30h a 20:30h. Cada uno de los talleres está destinado a la fabricación de un agitador magnético y placa calefactora, un incubador y un microscopio, elementos útiles para el cuidado de las micromascotas, así como un taller específico que enseñará las técnicas de microbiología necesarias para preparar medios de cultivo y manejo de micromascotas.
Los docentes que se apunten al taller podrán construir elementos utilizando los equipos de los laboratorios CESAR con máquinas como la cortadora láser. Los organizadores pondrán a disposición recursos educativos y materiales necesarios para aprender a hacer estos prototipos que luego se podrán replicar si se desea. El perfil docente al que está mas enfocado este proyecto reúne temáticas que se puede encontrar en las materias de biología, química, física, tecnología y diseño y fabricación. Tanto para niveles de ESO, Bachillerato y grados.

Con esto, se busca que en el futuro los profesores puedan realizar su propia experimentación, englobado en un proyecto multidisciplinar como es Micromascotas, en su propio centro y con sus alumnos. Dotando al centro a su vez de estos aparatos de biohardware de bajo coste y con ellos poder introducirse en el mundo microscópico de la mano de la microbiología con las micromascotas.
Los docentes que quieran participar podrán inscribirse enviando un correo a info@ibercivis.es indicando en el asunto “Taller MICROMASCOTAS junio 2017”. En el correo electrónico se deberá indicar el nombre, datos de contacto y centro educativo al que pertenece. Dado que las plazas del taller están limitadas a solo cinco asistentes, entre todos los que se inscriban se realizará un sorteo para seleccionar a los elegidos para este primer taller.
Más información en la web micromascotas.ibercivis.es En las próximas semanas, se anunciará en esta misma página web cómo participar en el proyecto de ciencia ciudadana que busca recoger muestras de polvo de lugares como los marcos de las puertas para poder identificar parte de la biodiversidad y la vida salvaje que nos rodea en nuestros hogares y presentarán la granja de microorganismos presentes en el Wetlab de los laboratorios Cesar, para que quien quiera pueda adoptar como su micromascota.

BIFI talk: Breaking the timescale limit in molecular dynamics simulations with a fast sampling implicit solvent model (Agustí Emperador)
2017-06-02 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Breaking the timescale limit in molecular dynamics simulations with a fast sampling implicit solvent model
Ponente: Agustí Emperador (IRB, Barcelona)
Dia y hora: Jueves 2 de Junio a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

I Reunión Anual GBsC (BIFI, UNIZAR) Unidad Asociada al CSIC
2017-06-22 09:30 - 16:00 (Europe/Madrid) | Estación Experimental de Aula Dei-CSIC Dirección: Avda. Montañana 1005. Zaragoza. E-50059, Avda. Montañana 1005., Zaragoza, Zaragoza, 50059
(Grupo Bioquímica, Biofísica, Biología Computacional)
Lugar: Estación Experimental de Aula Dei-CSIC
Dirección: Avda. Montañana 1005. Zaragoza. E-50059
Fecha: 22 de junio 2017
Agenda
9:30-10:00 Bienvenida (Patricia Ferreira e Inmaculada Yruela).
10:00-10:45 Presentación de grupos UNIZAR que realizan trabajos de investigación en colaboración con EEAD-CSIC (15 min cada uno).
Pilar Catalán, Escuela Politécnica Superior de Huesca, Universidad de Zaragoza.
María Fillat, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Milagros Medina, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.

10:45-11:15 Café
11:15-11:45 Continuación presentación de grupos BIFI-UNIZAR (15 min cada uno).
Adrián Velázquez, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Javier Sancho, Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.

11:45-13:05 Presentación de trabajos de investigación realizados por estudiantes de doctorado en la Unidad Asociada GBsC (BIFI, UNIZAR) al CSIC (20 minutos cada una),
Silvia Romero. “Studying the molecular basis of the interactions between human Apoptosis-Inducing Factor (hAIF) and its protein partners “. Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Sandra Salillas. “Antimicrobial discovery: new promising compounds against Helicobacter pylori infection”. Instituto Universitario BIFI, Universidad de Zaragoza.
Valerie Yselle De Anda Torres. “A new multi-genomic approach for the study of biogeochemical cycles at global scale: the molecular reconstruction of the sulfur cycle”. Laboratorio de Evolución Molecular y Experimental, Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología UNAM, México.
Rubén Sancho Cohen. “Deciphering the origins of allopolyploid lineages in the grass genus Brachypodium through GBS and RNA-seq data analysis”. Escuela Politécnica Superior de Huesca, Universidad de Zaragoza.

13:30-14:30 Comida (Cafetería Aula Dei)
15:00 Visita Aula Dei (Inmaculada Yruela)

BIFI Talk: Seminario del profesor Philip Hardwidge
2017-07-07 11:30 - 12:30 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Citrobacter rodentium NleB Protein Inhibits Tumor Necrosis Factor (TNF) Receptor-associated Factor 3 (TRAF3) Ubiquitination to Reduce Host Type I Interferon Production
Ponente: Philip R. Hardwidge Kansas State University
Día y hora: Viernes 7 de julio a las 11:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Abstract:
Citrobacter rodentium NleB Protein Inhibits Tumor Necrosis Factor (TNF) Receptor-associated Factor 3 (TRAF3) Ubiquitination to Reduce Host Type I Interferon Production
Philip R. Hardwidge Kansas State University
Interferon signaling plays important roles in both intestinal homeostasis and in the host response to pathogen infection. The extent to which bacterial pathogens inhibit this host pathway is an understudied area of investigation. We characterized Citrobacter rodentium strains bearing deletions in individual type III secretion system effector genes to determine whether this pathogen inhibits the host type I interferon (IFN) response and which effector is responsible. The NleB effector limited host IFN-beta production by inhibiting Lysine 63-linked ubiquitination of TNF receptor-associated factor 3 (TRAF3). Inhibition was dependent on the glycosyltransferase activity of NleB. GAPDH, a target of NleB during infection, bound to TRAF3 and was required for maximal TRAF3 ubiquitination. NleB glycosyltransferase activity inhibited GAPDH-TRAF3 binding, resulting in reduced TRAF3 ubiquitination. Collectively, our data reveal important interplay between GAPDH and TRAF3 and suggest a mechanism by which the NleB effector inhibits type I IFN signaling.

BIFI Talk: Structural basis of phosphatidyl mannosides biosynthesis in mycobacteria: membrane enzymes working at the interface (Marcelo Guerin)
2017-10-06 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Título: Structural basis of phosphatidyl mannosides biosynthesis in mycobacteria: membrane enzymes working at the interface
Ponente: Marcelo Guerin (CIC bioGUNE, Vizcaya)
Día y hora: Viernes 6 de octubre a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO
Resumen
Many cellular reactions involve both hydrophobic and hydrophilic molecules that reside within the chemically distinct environments defined by the phospholipid-based membranes and the aqueous lumens of cytoplasm and organelles. Enzymes performing this type of reaction are required to access a ipophilic substrate located in the membranes and to catalyze its reaction with a polar, water-soluble compound [1]. Here we focus on two enzymes involved in the early steps of the phosphatidylinositol mannosides (PIMs) biosynthetic pathway, unique glycolipids found in abundant quantities in the inner and outer membranes of the cell envelope of all Mycobacterium species. They are based on a phosphatidylinositol lipid anchor carrying one to six mannose residues and up to four acyl chains. PIMs are considered not only essential structural components of the cell envelope but also the structural basis of the lipoglycans lipomannan and lipoarabinomannan, important molecules implicated in host-pathogen interactions in the course of tuberculosis and leprosy. Of particular relevance, we demonstrate the occurrence of a conformational switch during the catalytic cycle of the retaining glycosyltransferase PimA, the enzyme that start the pathway, involving both β-strand–to–α-helix and α- helix–to–β-strand transitions [2, 3, 4]. These structural changes seem to modulate catalysis and are promoted by interactions of the protein with anionic phospholipids in the membrane surface. Although scant structural information is currently available on protein catalysis at the lipid-water interface, our studies demonstrate that protein-membrane interactions might entail unanticipated structural changes in otherwise well conserved protein architectures, and suggests that similar changes may also play a functional role in other membrane enzymes. Finally, we report the crystal structures of PatA, an essential membrane associated acyltransferase that transfers a palmitoyl moiety from palmitoyl–CoA to the 6-position of the mannose ring added by PimA, in the presence of its naturally occurring acyl donor palmitate and a nonhydrolyzable palmitoyl–CoA analog. The structures reveal an α/β architecture, with the acyl chain deeply buried into a hydrophobic pocket that runs perpendicular to a long groove where the active site is located. Enzyme catalysis is mediated by an unprecedented charge relay system, which markedly diverges from the canonical HX4D motif. Our studies establish the mechanistic basis of substrate/membrane recognition and catalysis for an important family of acyltransferases, providing exciting possibilities for inhibitor design [5].
References: [1] Forneris, F.; Mattevi, A. Science 2008, 321, 213-216. [2] Giganti et al., Nat. Chem. Biol. 2015, 11,
16-18. Highlighted in the News and Views Section: Brodhun F, Tittmann K. Nat. Chem. Biol. 2015, 11, 102-103. [3]
Albesa-Jové and Guerin, Curr. Opin. Struct. Biol. 2016, 10.1016/j.sbi.2016.07.007 [4] Albesa-Jové et al., Angew.
Chem. Int. Ed. Engl. 2015, 54, 9898-9902. [5] Albesa-Jové et al., Nat. Commun. 2016, 7, 10906.

BIFI TALK: Participatory, collective and public experiments for gaining insights on human behavioral traits (Josep Perelló)
2017-11-10 12:00 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Participatory, collective and public experiments for gaining insights on human behavioral traits
Ponente: Josep Perelló (UB)
Día y hora: Viernes 10 de noviembre a las 12:00 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Since 2012, OpenSystems UB has be developing new lab-in-the-field experiments using citizen science strategies to study human behavior through social dilemas and games.
The approach has allowed to gather data from a more diverse socio-demographic profile and in public spaces (where everyday decisions are taken) in order to better understand our social interactions. Recently we have been developing experiments to respond to social concerns in some urban contexts or within a given ecosystem. We will revise all these efforts from the last five years paying attention on both the experimental setting design and the scientific results.

Vicens, J., Bueno-Guerra, N., Gutiérrez-Roig, M., Gracia-Lázaro, C., Gómez-Gardeñes, J., Perelló, J., … & Duch, J. (2017). Resource heterogeneity leads to unjust effort distribution in climate change mitigation. arXiv preprint arXiv:1709.02857.
Gutiérrez-Roig, M., Segura, C., Duch, J., & Perelló, J. (2016). Market Imitation and Win-Stay Lose-Shift strategies emerge as unintended patterns in market direction guesses. PloS one, 11(8), e0159078.
Poncela-Casasnovas, J., Gutiérrez-Roig, M., Gracia-Lázaro, C., Vicens, J., Gómez-Gardeñes, J., Perelló, J., … & Sánchez, A. (2016). Humans display a reduced set of consistent behavioral phenotypes in dyadic games. Science advances, 2(8), e1600451.
Sagarra Pascual, O. J., Gutiérrez-Roig, M., Bonhoure, I., & Perelló, J. (2016). Citizen Science Practices for Computational Social Science Research: The Conceptualization of Pop-Up Experiments. Frontiers in Physics, 2016, vol. 3, num. 93, p. 1-14.
Gutiérrez-Roig, M., Gracia-Lázaro, C., Perelló, J., Moreno, Y., & Sánchez, A. (2014). Transition from reciprocal cooperation to persistent behaviour in social dilemmas at the end of adolescence. Nature communications, 5.

BIFI talk: Applying DNA nanotechnology to molecular sensing and medicine (Silvia Hernández)
2017-12-01 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Título: Applying DNA nanotechnology to molecular sensing and medicine
Ponente: Silvia Hernández (INA, Unizar, Zaragoza)
Día y hora: Viernes 1 de diciembre a las 12:30 h.
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI International Conference 2018: COMPLEXITY, NETWORKS AND COLLECTIVE BEHAVIOUR
2018-02-06 - 2018-02-08 | IberCaja – Patio de la Infanta Center (Obra Social IberCaja)
Understanding complex systems is one of the most pressing challenges of modern science. The BIFI International Conference 2018 aims at providing a forum to discuss the latest advances in the study of complex systems and networks in a variety of fields, ranging from Physics and Mathematics to Biological, Engineering and Techno-social Systems. It will also involve important and recognized scientists worldwide. All topics that fit within the science of Complexity and Networks are welcome.

MAIN TRACKS:

Foundations of Complex Systems
Complexity in Biological Systems
Ecological Systems: Future Directions
Contagion Processes and Epidemic Spreading
Information and Communication Technologies (ICT)
Infrastructure, Planning and Environment
Multiplex Networks and Applications
Economics and Finance
Collective Behavior
Evolutionary Game Theory

http://bifi18.bifi.es/

BIFI talk: Insights into the reactivity and organization of key bacterial division proteins by fluorescence (Silvia Zorrilla)
2018-03-15 12:30 - 13:30 (Europe/Madrid) | BIFI – Universidad de Zaragoza
Título: Insights into the reactivity and organization of key bacterial division proteins by fluorescence
Ponente: Dra. Silvia Zorrilla (Centro de Investigaciones Biológicas CIB-CSIC, Madrid)
Día y hora: Jueves 15 de Marzo a las 12.30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Resumen:

Division is a key process for bacterial survival involving the formation of a protein ring attached to the membrane and localized at midcell that ultimately constricts the bacterium to render two daughter cells with equal genomic content and similar size. The central protein of this machinery is the self-assembling GTPase FtsZ that, in E. coli, interacts with the membrane protein ZipA and with FtsA to form the first division complex, the proto-ring. The joint action of two systems, the Min system and nucleoid occlusion, mediated by the DNA binding protein SlmA, contribute to achieve correct positioning of the division ring at midcell. To better understand this process and its spatiotemporal regulation, we analyze the interactions among the different elements involved, using a combination of biophysical and biochemical methods. We are particularly interested in evaluating the impact of macromolecular crowding, microenvironments and confinement inherent to the natural media in which they actually occur, the bacterial interior, in the energetics and dynamics of these interactions. These studies are contributing to complete our understanding of an essential bacterial process and they may aid in the development of new strategies to control infections, through the identification and characterization of key interactions that could be exploited as targets for new antibacterials. The novel assays we are developing to measure these interactions can also be useful for the screening of such drugs.

Curso de verano: Nuevos Retos en Biología Molecular: las proteínas dúctiles y sus aplicaciones
2018-07-11 - 2018-07-13 | Zaragoza
Nuevos Retos en Biología Molecular: las proteínas dúctiles y sus aplicaciones
Cursos Extraordinarios, Universidad de Zaragoza 2018
Profesor invitado: A. Keith Dunker (Indiana University, EEUU)
Ponentes:

Patricia Ferreira Neila
Mª Inmaculada Yruela Guerrero
Juan Fernández Recio
Javier Sancho Sanz
Bruno Contreras Moreira
Inés García Rubio
José Luis Neira Faleiro
Ángel José Moreno Segurado
Nunilo Cremades Casasín

Más información: cursosextraordinarios.unizar.es
Cartel curso de verano

BIFI TALK: Bivalent roles of Vav oncoproteins as tumor promoters and suppressors
2018-10-05 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Título: Bivalent roles of Vav oncoproteins as tumor promoters and suppressors
Ponente: Dr. Xosé R. Bustelo
Día y hora: Viernes 5 de Octubre a las 12.30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

Resumen:
Rho GDP/GTP exchange factors (GEFs) are enzymes that promote the activation of Rho GTPases in both normal and cancer cells. Due to this, it is widely assumed that they can represent potential anticancer drug targets. However, we still have very little information about the actual role of these enzymes in human cancer, the therapeutic effectiveness of inhibiting their enzyme activities, and the side effects that such inhibition elicits in healthy tissues. Our group is trying to address these issues using as main tool the three known members of the Vav GEF family, the proteins Vav1, Vav2 and Vav3. To this end, we are utilizing a multifaceted approach based on the use of genetically modified mice, genome wide expression profiling techniques, cross-species transcriptomal comparisons, and patient-derived cell models. In my talk, I will present recent data demonstrating that the endogenous wild type and mutant versions of these proteins play proactive roles in mature T cell leukemia and a variety of epithelial tumors. Furthermore, I will discuss data from our “pharmaco-mimetic” knock-in mice demonstrating that the inhibition of GEFs does have a negative impact on the fitness of tumor cells in vivo. Perhaps more importantly, these studies also have revealed the feasibility of dissociating the positive and negative effects elicited by the inhibition of Vav proteins depending on the level of catalytic silencing achieved at the organismal level.

IX National Conference BIFI 2019
2019-01-30 - 2019-02-01 | Zaragoza
Abierto el plazo de inscripción para la IX National Conference BIFI 2019

Del 30 de enero al 1 de febrero de 2019, el Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI) celebra su IX Congreso Nacional, en su sede, el Salón de Actos del Edificio I+D del Campus Río Ebro de Zaragoza.
El programa incluye sesiones plenarias y conferencias impartidas por prestigiosos investigadores invitados y de nuestro Instituto, así como charlas seleccionadas de doctorandos que realizan su tesis doctoral en el BIFI o venidos de otros centros de investigación. El IX Congreso Nacional BIFI 2019 forma parte de los esfuerzos para dar mayor visibilidad a las líneas de investigación del Instituto y para potenciar el desarrollo de colaboraciones entre grupos de investigación afines. En total se espera contar con la participación de más de 50 investigadores, profesores universitarios y estudiantes de doctorado.
Las líneas de investigación abordadas en el presente Congreso Nacional BIFI 2019 incluyen la Biología Molecular y Celular, la Bioquímica, la Biofísica, la Física y la Computación. Los conferenciantes invitados provienen de prestigiosos centros de investigación tales como: el Vall d’Hebron Institut de Recerca, el Instituto de Química Física “Rocasolano” del CSIC, el CICbioGUNE (Centro para la Investigación Cooperativa en Biociencias), el Centro Alemán para la Investigación del Cáncer, la Universidad de Lleida, la Universidad Complutense de Madrid, la Estación Experimental de Aula Dei del CSIC, entre otros.
El programa de este año, al igual que años anteriores, incluye Workshops/Tutoriales para investigadores noveles y estudiantes (“Big Data” y “Software de visualización molecular e imágenes de alta resolución”), así como una sesión de Iniciación a la Investigación para estudiantes (“Student Workshop: Tools for a future research career”) especialmente diseñada para alumnos de los últimos años de Grado de la Universidad de Zaragoza, y que incluye una mesa redonda con representantes del grupo de empresas de biotecnología de Aragón, aspecto este que añade una dimensión didáctica al congreso.
El primer plazo de inscripción (early) finaliza el 13 de diciembre.

Toda la información del congreso puede ser consultada en el sitio web oficial http://bifi19.bifi.es.

BIFI TALK - Chemical Physiology of Antibody Conjugates and Natural Products
2019-03-29 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Chemical Physiology of Antibody Conjugates and Natural Products

Ponente: Gonzalo Bernardes (Univ. Cambridge, UK)
Día y hora: 29 de marzo a las 12.30
Lugar: Aula, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI Talk - Sandro Meloni
2019-04-12 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Por confirmar
Ponente: Sandro Meloni (IFISC, Palma de Mallorca)
Día y hora: 12 de abril a las 12.30
Lugar: Aula, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI TALK - Mónica Balsera
2019-05-10 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Por confirmar
Ponente: Mónica Balsera (IRNASA -CSIC, Salamanca)
Día y hora: 10 de Mayo a las 12.30
Lugar: Aula, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI TALK - Joaquín Marro
2019-06-07 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Por confirmar
Ponente: Joaquín Marro
Día y hora: 7 de junio a las 12.30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI TALK - Javier García-Nafría
2019-10-04 13:00 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Cryo-electron microscopy: moving beyond X-ray crystallography for membrane receptors and drug discovery

Ponente: Javier García-Nafría (LMB/MRC, Cambridge, UK-University of Zaragoza)
Día y hora: 4 de octubre a las 13:00 h
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO
Resumen:
Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has undergone major advances during the last years, with special impact in structural biology of membrane proteins. I will review the advances in cryo-EM technology that made the ¨resolution revolution¨ possible, and then show its application to understand G-protein coupled receptors (GPCRs). GPCRs are the largest family of membrane proteins in the human body and are a target for ~35% of the currently approved FDA drugs. GPCRs sense a variety of molecules and transduce the signal to the intracellular milieu by coupling to heterotrimeric G-proteins. We used cryo-EM to obtain high-resolution structural information on GPCR-G protein complexes, starting to tackle one of the major questions in the field – the GPCR-G protein selectivity code. I will then analyse the state-of-the-art in using cryo-EM for structure-based drug discovery of membrane proteins.
References:

Cryo-EM structure of the adenosine A2A receptor coupled to an engineered heterotrimeric G protein. García-Nafría J.*, Lee Y.*, Bai X., Carpenter B. & Tate CG. 2018. Elife. May 4;7. pii: e35946.

Cryo-EM structure of the serotonin 5-HT1B receptor coupled to heterotrimeric Go. García-Nafría J., Nehme R., Edwards P., Tate CG. 2018. Nature 558 (7711). 620-62

Cryo-EM structures of GPCRs coupled to Gs, Gi and Go. García-Nafría J. and Tate CG. Molecular and Cellular Endocrinology. 2019, In press.

Cryo-Electron Microscopy: Moving Beyond X-ray Crystal Structures for Drug receptors and Drug development. García-Nafría J. and Tate CG. 2019. Annual Reviews in Pharmacology and Toxicology. 2020. In press (2019 Jul 26. doi: 10.1146.)

BIFI TALK - Javier Galeano
2019-11-08 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: A quick review of ecology of bacteriaA quick review of ecology of bacteria
Ponente: Javier Galeano (UPM, Madrid)
Día y hora: 8 de noviembre a las 12.30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

BIFI TALK - Javier Oroz
2019-12-13 12:30 - 14:00 (Europe/Madrid) | Edificio Institutos I+D, Mariano Esquillor, 50018 Zaragoza, Zaragoza, Zaragoza, 50018, España
Título: Structural biology in human disease: What can we learn from the study of disordered proteins?

Ponente: Javier Oroz (IQFRS-CSIC, Madrid)
Día y hora: 13 de diciembre a las 12.30
Lugar: SALA DE CONFERENCIAS, EDIFICIO I+D+i, CAMPUS RIO EBRO

IX International BIFI 2020 Conference
2020-02-03 10:00 - 2020-02-05 13:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
The IX International BIFI 2020 Conference will take place in Zaragoza, in the auditorium of the R+D Building, Río Ebro Campus (Actur), from February 3rd to 5th, 2020.
On this occasion the Conference will be focused on “New Challenges in Molecular Biotechnology“. Thus, we have prepared a scientific program with national and international speakers that we believe is very attractive. The event format includes plenary sessions with 18 talks by invited speakers, 5 of which will be given by prominent researchers who conduct their research in renowned research centers such as the Pasteur Institute in Paris, the Mitochondrial Biology Unit in Cambridge, the Estación Experimental de Aula Dei (CSIC ) in Zaragoza, the Rocasolano Institute in Madrid, and the Laboratory of Systems Biochemistry (CIB-CSIC) also in Madrid. In addition, nine of the works submitted will be chosen to give short oral talks of 12 min (+3 question-minutes). Two Poster sessions have been scheduled from which two works presented in this modality will be awarded with the amounts of €300 (First prize) and €200 (Second prize).
We warmly invite young and not so young researchers, and also students, to attend this new edition of our biennial conference and to send scientific communications related to the main tracks of the event. Our main purpose is giving you the opportunity to communicate your research and to create and/or strengthen new scientific collaborations.
Registration deadlines will be December 20th (Early) and January 10th (Late), with different registration fees in each case (see the different options on the event site). Notification by the Organizing Committee to those whose works were chosen to give short oral talks will be made at the latest on January 17th, 2020.
On the website of the event (http://bifi20.bifi.es/) you will find all the necessary information to register, also the Scientific Program, as well as important aspects about the BIFI Institute (the venue of the Conference), the city of Zaragoza, and more.
If you are interested in attending, please register as soon as possible.
We welcome you in Zaragoza.

IX International BIFI 2020 Conference
2020-02-03 11:00 - 2020-02-05 13:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
La IX Conferencia Internacional BIFI 2020 tendrá lugar en Zaragoza, en el salón de actos del Edificio I+D, Campus Río Ebro (Actur), del 3 al 5 de febrero del año próximo 2020.
En esta ocasión (la conferencia) está enfocada en “Nuevos retos en Biotecnología Molecular (New Challenges in Molecular Biotechnology). Así, hemos preparado un programa científico con oradores invitados nacionales e internacionales que creemos que es muy atractivo. El formato del evento incluye sesiones plenarias con 18 charlas, 5 de las cuales serán impartidas por prominentes investigadores que realizan su investigación en reconocidos centros como el Instituto Pasteur de Paris, la Unidad de Biología Mitocondrial de Cambridge, la Estación Experimental de Aula Dei (CSIC) de Zaragoza, el Instituto Rocasolano de Madrid, y el Laboratorio de Sistemas Bioquímicos (CIB-CSIC), también de Madrid. Nueve de los trabajos inscritos serán elegidos para impartir charlas cortas de 12 min (+3 de preguntas) y se han programado dos sesiones para la presentación de pósters de los cuales serán premiados dos con las cantidades de 300€ (Primer premio) y 200€ (Segundo premio).
Invitamos cordialmente a los investigadores jóvenes y a aquellos no tan jóvenes, también a estudiantes, a asistir a esta nueva edición de nuestra Conferencia bienual y a enviar comunicaciones científicas relacionadas con los temas principales del evento. Queremos en este marco brindaros la oportunidad de difundir vuestro trabajo y de poder crear y/o fortalecer nuevas colaboraciones científicas.
Los plazos de inscripción son: 20 de diciembre (Early) y 10 de enero (Late), con diferentes importes de las cuotas de inscripción (vea las diferentes opciones en el sitio del evento). La notificación por parte del Comité Organizador a aquellos cuyos trabajos resultasen elegidos para impartir charlas cortas se realizará como muy tarde el día 17 de enero de 2020.
En el sitio web del evento (http://bifi20.bifi.es/) podrás encontrar toda la información necesaria para inscribirte, así como el Programa Científico, elementos importantes sobre nuestro Instituto (el lugar de celebración de la Conferencia), la ciudad de Zaragoza y más.
Si estás interesado/a en asistir, por favor regístrate cuanto antes.
Desde ya os damos la bienvenida en Zaragoza.
El Comité Organizador

BIFI TALK. Fabio Dercole
2020-02-10 12:30 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Title: Direct reciprocity and model-predictive strategy update explain the network reciprocity observed in socio-economic networks
Speaker: Fabio Dercole
Abstract:
Network reciprocity has been successfully put forward (since M.A. Nowak & R. May’s, 1992, influential paper) as the simplest mechanism — requiring no strategical complexity — supporting the evolution of cooperation in biological and socio-economic systems. The mechanism is actually the network, that makes agents’ interactions localized, while network reciprocity is the property of the underlying evolutionary process of favoring cooperation in sparse rather than dense networks. In theoretical models, the property holds under imitative evolutionary processes, that however lack rationality in the socio-economic context, whereas cooperation disappears in any network if imitation is replaced by the more rational best-response rule of strategy update. In social experiments, network reciprocity has been observed, though the imitative behavior did not emerge. What did emerge is a form of conditional cooperation based on direct reciprocity—the propensity to cooperate with neighbors who previously cooperated. To resolve this inconsistency, we show network reciprocity in a model that
rationally confronts the two main behaviors emerging in experiments — reciprocal cooperation and unconditional defection — with rationality introduced by means of a multi-step model-predictive rule for strategy update.
Sala de Conferencias, Edif. I+D, Campus Rio Ebro
LUNES 10 de FEBRERO a las 12:30h

CURSO DE INVIERNO DE LA UNIVERSIDAD DE ZARAGOZA Nuevas perspectivas en la evolución de los genes y proteínas / Advances in Genome and Protein Evolution 28-29 de Febrero en Jaca (Huesca)
2020-02-28 08:00 - 2020-02-29 17:00 (Europe/Madrid) | Zaragoza
Abierta la Inscripción del CURSO DE INVIERNO DE LA UNIVERSIDAD DE ZARAGOZA Nuevas perspectivas en la evolución de los genes y proteínas / Advances in Genome and Protein Evolution 28-29 de Febrero en Jaca (Huesca) en https://cursosextraordinarios.unizar.es/cursos-invierno
Las personas interesadas en pedir una ayuda económica para asistir a dicho curso deben inscribirse ahora pero NO pagar la matrícula de momento. Para solicitar la ayuda deberán escribir a i.yruela@csic.es y mmartine@unizar.es adjuntado un breve CV. El plazo límite para pedir esta ayuda es el 28 de Enero de 2020.
INFORMACIÓN CURSO
Dirección: Inmaculada Yruela y Marta Martínez Júlvez
Ponentes y sesiones:
Pilar Catalán, Universidad de Zaragoza
-Phylogenetic concepts. Organismal phylogenetic reconstruction and evolutionary speciation events
-Phylogenetic methods. From distance-based methods to the coalescent approach

Inmaculada Yruela, CSIC, Zaragoza
-Introduction to sequence analysis and protein phylogeny
Toni Gabaldón, Supercomputing Centre (BSC-CNS) and Institute for Research in Biomedicine (IRB), Barcelona
-Homology, orthology and paralogy
-Comparative genomics and phylogenomics

Ugo Bastolla, Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (UAM-CSIC), Madrid
–Detecting selection on protein structure and protein folding stability
-Substitution processes with selection on protein structure and protein folding stability
Leandro Radutsky, Centro de Regulación Genómica (CRG), Barcelona
-Structural bioinformatics for the analysis of protein mutations with focus on disease and evolution
Dirigido a: Estudiantes de los últimos cursos de los grados en Química, Biología, Física, Farmacia, Medicina, Bioquímica, Biotecnología, Veterinaria. Estudiantes de másteres de Química Molecular, Bioquímica, Biología Molecular y Celular, Biomedicina, Biotecnología. Estudiantes de doctorado. Profesionales en activo en cualquiera de las áreas de conocimiento y especialidades anteriormente enumeradas.
Este curso tiene reconocidos 0,5 ECTS como Formación Permanente de Profesorado

X National Conference BIFI 2021
2021-02-03 - 2021-02-05 | Zaragoza
The X National Conference BIFI 2021 (http://bifi21.bifi.es) of the Institute for Biocomputation and Physics of Complex Systems (BIFI) aims at giving all participants the chance to disseminate their work, and at the same time strengthening existing collaborations or establishing new ones within the different research lines promoted by the BIFI.
The format of the congress will include plenary sessions, with invited and contributed talks, as well as the corresponding poster sessions.
MAIN TRACKS:

Biochemistry, Molecular and Cellular Biology
Physics
Biophysics
Computation

CALL FOR COMMUNICATIONS
Researchers from any Institution are warmly invited to attend the meeting, and submit scientific communications related to the Main Tracks of the event. We could limit the attendees number due to a capacity issue at the conference rooms, so that, if necessary, we might reject applications to participate.
IMPORTANT DATES
Dates of the Conference: February 3 – February 5, 2021
Registration deadline: January 31st 2021
Abstract submission deadline: January 8 th, 2021
Notification to authors: not later than January 15th, 2021
VENUE
Zoom I+D Room
